Pois é, uma dúvida surgiu aqui.
Para quem já jogou, existe alguma diferença entre essas duas versões fora o fato de uma delas ser em 3D?

Embora eles sejam bem parecidos, são jogos diferentes, Kollision - fases, inimigos, etc. A versão original é melhor, na minha opinião.

Assim é. Se você pesquisa na Wikipedia, ela vai dizer que "lançaram uma secuela do jogo Space Harrier pro Master System, o Space Harrier 3D e outra pro Mega Drive, o Space Harrier II"

Space Harrier bom mesmo é o do 32X.
Se vocês quiserem conhecer existe um artigo que fala sobre ele!!!!

32x e Master são jogos diferentes, incomparáveis.
Gosto das duas versões do Master, o problema é que usar os óculos 3D cansam a vista, e o truque pra ficar 2D não é simples de fazer.